土壌微生物を増やす究極ガイド｜種類ごとの特徴と土壌改良を成功させる実践法

2026年01月19日

• 微生物資材の基礎知識

目次

サクッとチェック！この記事でわかる重要ポイント

• 「団粒構造」を作る主役は微生物： 微生物を増やすことで土の粒子が結びつき、水はけと水持ちを両立した理想的な「団粒構造」へと土質が改善されます。
• 活動を支える「3つの環境条件」： 微生物が活発に働くには、適度な「水分」、呼吸のための「空気」、そして「安定した温度（20〜30℃）」を保つ環境管理が不可欠です。
• 「エサ」と「菌」の相乗効果： 堆肥や米ぬかなどの良質な「エサ」を与えて育てる活動と、微生物資材で新しい「仲間（菌）」を直接投入する活動の両輪で、土壌改良を加速させます。
• 目的に合わせた資材選び： 乳酸菌や酵母、納豆菌など、菌ごとの得意分野を理解し、自分の畑の課題（病害抑制や成長促進など）に合った資材を見極めることが重要です。
• 「腐敗」ではなく「発酵」を目指す： 生ごみなどの有機物をそのまま埋めるのではなく、微生物資材を活用して正しく「発酵」させることで、安全かつ効率的に菌力を高められます。
• 数ヶ月〜一年スパンでの継続： 土壌改良は一朝一夕には進みません。微生物を共に歩むパートナーとして捉え、長期的な視点でコツコツと「菌が育つ環境」を維持し続けることが成功への近道です。

土壌微生物がもたらす土壌改良の効果

団粒構造を形成し、ふかふかの土を作る

土壌改良において「ふかふかの土」を目指すなら、微生物の力は欠かせません。微生物は活動の過程で、多糖類と呼ばれる「ネバネバした物質」を排出します。これが接着剤の役割を果たし、バラバラの土粒子をくっつけて小さな「団子（団粒）」を作ります。
この団子状の塊が集まることで、土の中に適度な隙間が生まれます。これが「団粒構造」です。隙間があることで、余分な水はスムーズに抜け（排水性）、同時に団粒の内部には水分が蓄えられます（保水性）。

【団粒構造ができるまでのステップ】

• 1.有機物の投入： 微生物のエサとなる堆肥や米ぬかを土に入れる。
• 2.微生物の活性化： エサを食べた微生物が活発に動き、多糖類などの粘性物質を出す。
• 3.土粒子の結合： 粘性物質が細かな土の粒子（単粒）を数ミリ程度の塊に接着する。
• 4.団粒構造の完成： 団粒の間に隙間ができ、空気が通り、根が伸びやすい「ふかふかの土」になる。

微生物が活発な土ほど、このプロセスが繰り返され、耕さずとも柔らかい土壌が維持されるようになります。

有機物を分解し、植物の栄養分に変える

植物は、土に入れた堆肥や油かすなどの有機物をそのまま直接食べる（吸収する）ことはできません。そこで活躍するのが微生物です。微生物たちが有機物を細かく分解することで、初めて植物が根から吸える「肥料成分」へと形を変えます。

このプロセスは、いわば微生物による「調理」です。微生物が活発な土壌では、この調理がスムーズに行われるため、肥料の効率が上がり、植物が健やかに育ちます。

逆に微生物が少ない土では、いつまでも未分解の有機物が残り、根を傷める原因（ガス発生など）にもなりかねません。

【有機物が栄養に変わるまでの流れ】

• 1.有機物の投入： 堆肥、米ぬか、落ち葉などの有機資材を土に施す。
• 2.一次分解（糸状菌など）： 糸状菌（カビの仲間）などが大きな有機物をバラバラに壊す。
• 3.二次分解（細菌など）： バクテリアなどの細菌が、さらに目に見えないサイズまで細かく分解する。
• 4.無機化： 植物が吸収できる「無機態チッソ」などの栄養素（肥料成分）に変化する。
• 5.養分吸収： 植物が水と共に根から栄養を吸い上げ、大きく成長する。

糸状菌などのバランスを整え病害を防ぐ

土の中には、植物に悪影響を及ぼす「病原菌」もいれば、それを抑える「善玉菌」も存在します。微生物が豊富な土壌では、多種多様な菌がひしめき合ってバランスを保っているため、特定の病原菌だけが爆発的に増えることを防いでくれます。

特に、カビの仲間である「糸状菌」には注意が必要です。フザリウム菌などの病原性糸状菌が増えると根腐れなどの原因になりますが、土壌の微生物相が豊かであれば、他の微生物が病原菌の生存スペースやエサを奪い、その勢力を弱めてくれます。これを「生物的防除」と呼び、連作障害のリスク軽減にもつながります。

【病害を防ぐ「生物的防除」の仕組み】

• 占有： 善玉菌が植物の根の周りをびっしりと取り囲み、病原菌が取り付く隙間をなくす。
• 拮抗（きっこう）： 微生物同士が抗生物質のような物質を出し合い、他の特定の菌の増殖を抑える。
• 寄生： トリコデルマ菌などの有用な糸状菌が、病原菌そのものをエサにして食べてしまう。

このように、菌を「全滅」させるのではなく、多様な「バランス」を整えることが、農薬に頼りすぎない健康な土づくりの秘訣です。

微生物の「菌力アップ」を支える環境作り

適切な耕起で、菌が呼吸できる空気を送る

土壌改良において重要な役割を果たす多くの有用微生物（好気性菌）は、人間と同じように「酸素」を吸って活動しています。土が踏み固められたり、長雨で水浸しになったりすると、土中の酸素が不足し、微生物は酸欠状態に陥って活動が鈍くなってしまいます。

そこで重要になるのが「適切な耕起」です。土を反転させたり、軽くほぐしたりすることで、新鮮な空気を土の深層まで送り込み、微生物の呼吸を助けます。ただし、過度な耕起は、せっかく形成された「団粒構造」を壊してしまうため、「適度な回数」と「深さ」を見極めることがポイントです。

【酸素供給を最大化する耕起のポイント】

• 粗く耕す： 土を細かく砕きすぎず、拳大の塊が残る程度にすることで、空気の通り道が確保されやすくなります。
• 土が乾いている時に行う： 湿った状態で耕すと土が練り固まり、逆に空気の隙間を潰してしまうため注意が必要です。
• 作土層（根圏）への意識： 植物の根が最も伸びる深さ（15〜20cm程度）に、しっかり空気を届けましょう。

定期的に空気を土に入れることで、微生物の代謝が上がり、有機物の分解や団粒化がさらに加速します。

水分を管理し、微生物の活動を停滞させない

微生物が活動するための最大のインフラは「水」です。土壌微生物は、土の粒子の周りにある薄い水の膜の中で移動したり、養分を吸収したりしています。
そのため、土がカラカラに乾いてしまうと、多くの微生物は活動を停止し、休眠状態や死滅に至ることもあります。
一方で、水が多すぎる「過湿」の状態も問題です。土の中が水で満たされると酸素が追い出され、有用な好気性菌が働けなくなってしまいます。微生物を活性化させるためには、「湿っているけれど、空気もしっかりある」というバランスを維持することが重要です。

【微生物が活発になる水分状態の目安】

地温の安定を図り、急激な環境変化から守る

微生物は温度変化に対して非常に敏感な生き物です。多くの有用微生物が最も活発に活動するのは、地温が20℃〜30℃程度の時期です。地温が10℃を下回ると活動は緩慢になり、逆に40℃を超えるような高温下では、多くの菌がダメージを受けて死滅してしまいます。

特に日本の夏場は、直射日光によって地表面の温度が50℃以上に達することもあり、微生物にとっては過酷な環境です。また、冬場の凍結も活動を著しく停滞させます。

微生物資材を投入して増やした「菌力」を維持するためには、地温の急激な変化を和らげ、一定に保つ工夫が求められます。

【地温を安定させるための主な対策】

• マルチングの活用：
  • 敷きわら・刈り草： 夏場は地温の上昇を抑え、冬場は保温効果を発揮します。分解されればそのまま微生物のエサにもなります。
  • ビニールマルチ： 春先の低温期に地温を上げ、活動を早めるのに有効です。
• 適切な水やり： 夏場の夕方の散水は、気化熱によって上昇しすぎた地温を下げる効果があります。
• 緑肥の栽培： 畑を裸地にせず、植物で覆うことで直射日光による地温の急上昇を防ぎます。

「微生物にとって快適な温度」を意識して管理を行うことで、年間を通じて菌の活動が安定し、土壌改良のスピードがぐんと上がります。

土壌の状態に合わせた微生物の種類と選び方

乳酸菌や酵母など、代表的な有用微生物の特徴

土壌改良でよく耳にする菌たちには、それぞれ得意な「役割」があります。これらをバランスよく組み合わせることで、土の中の生態系が豊かになり、菌力が底上げされます。

例えば、乳酸菌は強い殺菌力で病原菌を抑制し、酵母は植物の成長を促す生理活性物質を作り出します。また、光合成細菌は悪臭の元となる物質をエサにして、有用なアミノ酸へと変換してくれます。これらの菌が連携することで、相乗効果が生まれるのです。

【代表的な有用微生物の役割一覧】

土壌改良剤として使われる菌の見分け方

ホームセンターや農協には、多種多様な土壌改良剤が並んでいます。「どれも同じに見える」と迷われる方も多いですが、パッケージの成分表示や説明文を読み解くことで、その資材が持つ「得意分野」を見分けることができます。

まず注目すべきは、配合されている「菌の種類」と「含有量」です。単一の菌（納豆菌だけ、など）が濃縮されたものもあれば、複数の菌が共生しているものもあります。また、菌が活動するための「運び役（キャリア）」として、ゼオライトや炭、泥炭などが使われているかどうかも、土への定着率を左右する重要なチェックポイントです。

【資材を見分けるためのチェックリスト】

• 菌の名称が明記されているか： 「有効微生物」といった曖昧な表記ではなく、「バチルス菌」「光合成細菌」など具体的な菌名があるものを選びましょう。
• 生菌か休眠胞子か：すぐに活動を始める「生液」タイプか、過酷な環境に強く保存性に優れた「胞子」タイプかを確認し、用途に合わせます。
• 保証票や成分分析があるか： 信頼できるメーカーの資材には、菌の数や安全性に関するデータが示されていることが多いです。
• 製造年月日と使用期限： 微生物は「生き物」です。期限が極端に古いものは菌が死滅している可能性があるため注意しましょう。

資材ごとの特徴を理解することで、単に「流行っているから」ではなく、自分の土に必要な「目的」に合ったものを選べるようになります。

自分の畑に合った微生物資材を選ぶポイント

微生物資材の効果を最大限に引き出すためには、今の畑が抱えている「課題」に合わせて資材をマッチングさせることが重要です。単に「評判が良いから」と投入しても、土の状態と菌の役割が一致していなければ、期待したほどの効果は得られません。

例えば、粘土質でカチカチの土をほぐしたいのか、あるいは連作障害で病気が出やすいのを防ぎたいのか。今の畑の状態を観察し、目的に合致した資材を選びましょう。

【悩み別・微生物資材の選び方ガイド】

• 根張りを良くし、収穫量を増やしたい場合： 「カルスNC-R」、「超カルスNC-R」など、多様な有用微生物が有機物分解と地力向上を促す資材が効果的です。根圏環境が安定し、根の伸長が良くなり、生育や収量の向上につながります。
• 土が硬く、水はけを良くしたい場合： 「コフナ1号」など、好気性・嫌気性の微生物がバランスよく働く資材がおすすめです。 有機物の分解と再結合が進み、土の粒子がまとまって団粒構造が形成されやすくなります。
• 連作障害や病害を抑えたい場合： 「VS34」など、放線菌を中心とした有用微生物が配合された資材を選びましょう。病原菌と栄養や生息域を競合することで、拮抗作用が働き、土壌微生物のバランスが整います。
• 未熟な堆肥や残渣を早く分解したい場合： 「トーマスくん」など、放線菌など分解力の高い微生物が配合された資材がおすすめです。 有機物の分解が進み、ガス害や生育障害のリスクを減らせます。

まずはご自身の畑の土を手に取り、感触やこれまでの作物の育ち方を振り返ってみてください。今の畑に「足りないもの」を補ってくれる菌を選ぶことが、土壌改良への一番の近道です。

実践！土壌微生物を増やす2つのアプローチ

土壌微生物を増やすためには、「エサを与えて育てる」ことと「新しい仲間（菌）を迎え入れる」ことの両輪が必要です。

たとえ優秀な菌を投入しても、食べるものがなければ定着しませんし、逆にエサばかりあっても、分解を担う主役が不足していれば土壌改良は進みません。

①堆肥や米ぬかなど、良質な「エサ」を入れる

微生物は生き物です。土の中で彼らを増やし、活発に活動させるためには、エネルギー源となる「エサ（有機物）」の補給が欠かせません。エサが不足した土壌では、いくら有用な菌を投入しても定着できず、やがて数は減ってしまいます。

ポイントは、分解の早い「即効性のエサ」と、ゆっくり分解される「持続性のエサ」をバランスよく組み合わせることです。これにより、微生物の爆発的な増加と、長期的な定着を同時に狙うことができます。

【代表的な微生物のエサとその特徴】

②微生物資材を活用し、有用菌を直接投入する

土壌改良をスピードアップさせたい時や、連作障害などで土のバランスが崩れている時に非常に有効なのが「微生物資材」の活用です。これは、特定の役割を持ったエリート集団（有用菌）を、直接土に送り込む方法です。

いわば、土の中に「良質な種をまく」ようなもの。元々土にいる微生物（在来菌）の働きを待つだけでなく、外部から強力な助っ人を導入することで、短期間で土壌環境を望ましい方向へ導くことができます。

【微生物資材を使いこなす3つのコツ】

• エサ（有機物）とセットで使う： 投入された菌が土に定着し、増殖するためにはエネルギーが必要です。必ず堆肥や米ぬかなどの有機物と一緒に施しましょう。
• 環境が整ってから投入する： 微生物はデリケートです。土が極端に乾燥していたり、逆に水浸しだったりすると、せっかく投入した菌がすぐに死滅してしまいます。前述した「水・空気・温度」を意識した環境下で使いましょう。
• 「継続」が菌力を支える： 一度の投入で永続的に効果が続くわけではありません。作物の栽培サイクルに合わせて定期的に補給することで、土の中の多様な生態系を維持しやすくなります。

微生物資材は魔法の粉ではありませんが、正しく使えば、あなたの畑を「病気に強く、野菜が喜ぶ土」へと劇的に変えてくれる強力なパートナーになります。

「土壌微生物の増やし方」に関するよくある質問

健康な土づくりに欠かせない土壌微生物ですが、いざ資材を取り入れるとなると「散布のタイミング」や「他資材との併用」など、気になる点も多いはずです。

ここでは、微生物を効果的に増やすために知っておきたい代表的な疑問をわかりやすくまとめました。

Q.1：微生物資材を撒けば、すぐに土は良くなりますか？

A.1：残念ながら、撒いてすぐに土がふかふかになるわけではありません。微生物が定着し、粘土質の粒子を繋ぎ合わせて「団粒構造」を作り上げるまでには、

数ヶ月から1年という長い時間が必要だからです。

焦らずコツコツと「菌が育つ環境」を維持することが、土壌改良の成功の秘訣です。

Q.2：家庭菜園で出る「生ごみ」をそのまま埋めても微生物は増えますか？

A.2：エサにはなりますが、生のまま大量に埋めるのは注意が必要です。土の中で「腐敗」が進むと、悪臭や有害なガスが発生し、植物の根を傷める原因になるからです。

微生物を正しく増やすには、生ごみを細かく刻み、微生物資材や米ぬかと混ぜて「発酵」を促すのが理想的です。「腐らせる」のではなく「発酵させる」工夫をすることで、生ごみは良質なエサへと変わり、土の中の菌力を安全に高めてくれます。

Q.3：冬の間も微生物を増やす活動はしたほうがいいですか？

A.3：冬は地温が下がるため微生物の活動は緩慢になりますが、春に向けた「土づくりの準備」として活動を続ける価値は十分にあります。堆肥や落ち葉を土に被せて「保温」と「エサの補給」を同時に行いましょう。

厳しい寒さから守られた微生物は、春の訪れと共に一気に活発化し、栽培開始時から最高のパフォーマンスを発揮してくれます。冬の間のひと手間が、春以降の粘土質土壌の改善スピードを大きく左右します。

まとめ：微生物と共に歩む豊かな土づくり

野菜が喜ぶ健康な土づくりの主役は、目に見えない無数の微生物たちです。土壌微生物を増やすことで、土は自然と「団粒構造」へと生まれ変わり、水はけと水持ち、そして肥料の保持力に優れた最高の環境が整います。

大切なのは、微生物を単なる資材としてではなく、共に作物を育てる「パートナー」として迎える意識です。良質なエサを与え、空気・水・温度という環境を整える日々の気遣いが、数ヶ月、1年後の土の姿を劇的に変えてくれます。

一朝一夕にはいきませんが、微生物の力を信じてコツコツと向き合う時間は、必ず豊かな収穫となって返ってきます。今日から微生物を味方につけて、土と対話する豊かな菜園ライフを楽しみましょう。